بعد انتهاء الحرب العراقية- الإيرانية تم تعيين أحمديان في منصب نائب قائد القوات البحرية للحرس الثوري الإيراني، وكرس نفسه للتنظير للتجارب البحرية في الحرب، خاصة تلك التي خيضت مع الأسطول الأميركي. وكان أحد المهندسين الرئيسيين للقوة البحرية الجديدة والمبتكرة للحرس الثوري الإيراني، حيث يعد من أوائل المنظرين لفكرة الدفاع غير المتكافئ.
التواجد المستمر لأحمديان في بحرية الحرس الثوري الإيراني من أدنى المستويات إلى أعلى الرتب والدور المركزي في تصميم تشكيل هذه القوة وتوسيعها وتجهيزها وتدريبها وترتيبها التخصصي، إلى جانب خبرته في الموضوعات المتخصصة مثل الملاحة والصواريخ هي الأمثل، جعل لأحمديان دورًا هاماً في تاريخ قوات إيران البحرية.
في العام 2000 عيّن احمديان من قبل القائد الأعلى علي خامنئي، رئيساً لأركان الحرس الثوري الإيراني و أحدث وجوده في هذه المرحلة تغييراً في الهيكل الإداري والقدرة التنظيمية للحرس الثوري الإيراني في أبعاد مختلفة؛ حيث سعى إلى محاولة تعميم النهج غير المتكافئ الذي تمت تجربته في القوة البحرية على كامل الحرس الثوري الإيراني، وفي هذا السياق، أعد أحمديان، المسؤول عن هيئة الأركان المشتركة للحرس الثوري الإيراني، خطة كبيرة للتحول التنظيمي للحرس الثوري
الإيراني
استقالة شمخاني
أعلن علي شمخاني أمين المجلس الأعلى للأمن القومي في إيران عن استقالته من منصبه ببيت شعر غامض وكتب على صفحته بتويتر بيت شعر للشاعر محتشم كاشاني، يقول فيه:
الكلام الذي قيل وسمع خلف الحجاب
انتقل وانتشر في النهاية عبر الرموز والايماءات.
لكن وكالات الانباء والقنوات الايرانية لم تترك الامر في خانة الرموز فتحدثت وكالة نور عن الاستقالة وتبعتها مهر والكوثر عن استقالة عراب الاتفاق الامني مع السعودية برعاية الصين والجدير ذكره، أن انباء استقالة شمخاني انتشرت في عقب الدور الذي لعبه في جهود استعادة العلاقات بين إيران والمملكة العربية السعودية، حيث كان له دور بارز في المفاوضات التي دارات بين الطرفين بوساطة العراق وسلطنة عمان خلال العامين الماضيين، كما أنه مثل إيران في مفاوضات بكين التي توجت باتفاق طهران والرياض على استعادة العلاقات. وقد أتبع ذلك زيارتين إحداهما للأمارات العربية المتحدة والأخرى للعراق، ووقع خلالهما اتفاقات مع مسؤولي البلدين.
والمعروف عن شمخاني انه وقف ضد حكم الشاه قبل قيام الثورة الإسلامية وتصدّى لمعارضيها عند قيامها، وقاد القوات البحرية في الحرس الثوري الإيراني إبان الحرب العراقية- الايرانية. تولى وزارة الدفاع في عهد حكومة محمد خاتمي، وألّف عدّة كتب في مجال العلوم الاستراتيجية والعسكرية، وعرف بمهندس العلاقات العربية الإيرانية. و قد تدرّج ابن الأقلية العربية القادم من الأهواز في مشواره السياسي حتى تعيينه أمينًا للمجلس الأعلى للأمن القومي؟. .
كان شمخاني عضوًا مؤسسا في الحرس الثوري الإيراني في خوزستان، وعيّن قائدًا للقوات العسكرية فيها وقائدًا بالإنابة للقوات الإيرانية المشرفة على تنفيذ قرار مجلس الأمن رقم (598) المتعلق بإنهاء الحرب بين إيران والعراق. وفي عهد حكومة مير حسين موسوي أصبح شمخاني ثاني وآخر وزير للحرس الثوري ما سمح له بالعمل بالقرب من رئيس الوزراء. بقيت علاقة شمخاني ومير حسين موسوي قوية حتى ما بعد انتخابات 2009 عندما تحول رئيس الوزراء السابق إلى معارض في الإقامة الجبرية.
تولى شمخاني مسؤولية قيادة القوات البحرية في الحرس الثوري الإيراني إبان الحرب العراقية- الايرانية، وشغل بالتزامن مع ذلك منصب النائب القائد العام لفيلق الحرس الثوري، في الفترة الممتدة بين 1981-1989. وبعد مؤسس الجمهورية الإسلامية آية الله الخميني، انتقل شمخاني بأمر من المرشد الإيراني آية الله علي خامنئي إلى صفوف القوات المسلحة الإيرانية، قائدًا للقوة البحرية للجيش الإيراني في عهد حكومة أكبر هاشمي رفسنجاني (1988-1997). ليتولى مهمة تحديث العقيدة القتالية والمعدات الخاصة للقوتين البحريتين في ايران.
مع انتخاب محمد خاتمي رئيسًا للبلاد في أغسطس/ يوليو 1997، تم تعيين شمخاني في منصب وزير الدفاع وهي المهمة التي انتهت في 27 اغسطس/ يوليو 2005. وأثناء تصديه للمنصب قام شمخاني بزيارة تاريخية إلى المملكة العربية السعودية، عام 2000، أفضت إلى توقيع اتفاقية أمنية بين البلدين، فحاز على وسام شرف من الملك السعودي آنذاك، عبدالله بن عبد العزيز.
وقد أدرجت وزارة الخزانة الأميركية 8 مسؤولين كبار في الجمهورية الإسلامية، من بينهم علي شمخاني، على قائمة العقوبات، بتاريخ 11 كانون الثاني/ يناير 2009. وفي عام 2013 عيّن المرشد خامنئي شمخاني عضوًا في المجلس الاستراتيجي للعلاقات الخارجية ومن ثم أمين مجلس الأعلى للأمن القومي،